標準機能の「販売種別」という機能を利用し、下記の設定を行うことで商品ごとに配送元・送料を設定することが可能です。
1)配送方法の設定
管理画面＞設定＞店舗設定＞配送方法設定で任意の配送元を新規に作成し、送料を設定
例・・・配送元・北海道、送料：1,000円
配送元・宮城、送料：600円
2)販売種別の設定
配送方法一覧に表示される1)で作成した配送元をクリックし、販売種別を設定
例・・・配送元・北海道 → 販売種別A
配送元・宮城 → 販売種別B
3)商品毎に販売種別を設定
商品管理＞商品登録で各商品毎に販売種別を設定
例・・・商品A → 販売種別A （配送元・北海道、送料：1,000円）
商品B → 販売種別B （配送元・宮城、送料：600円）
※この設定を行うと、販売種別の異なる商品の同時購入ができなくなります。